Instrumentendesinfektion hat das Ziel, anhaftende Mikroorganismen mit Ausnahme bakterieller Sporen abzutöten bzw. zu inaktivieren.

Geeignet sind Präparate, die nachgewiesen bakterizid, levurozid oder fungizid, tuberkulozid oder mykobakterizid und viruzid wirksam sind.

Die Europäischen Normen zur Instrumentendesinfektion (DIN EN) und die Standardmethoden der DGHM (2001/2002) gehören zu die Regeln der Technik und dem Stand der Wissenschaft. Wirksam befundene Präparate werden in der VAH-Liste aufgeführt. Geprüft wird im Einlegeverfahren und bei 20° C Wassertemperatur.

Präparate für die chemisch-thermische Aufbereitung werden von der DGHM nicht geprüft und nicht in der VAH-Liste aufgeführt.

Die Viruswirksamkeit ist grundsätzlich zusätzlich zu belegen. Viruswirksame Präparate werden in der IHO-Liste aufgeführt. Geeignete sind Präparate, die nach den Prüfmethoden der DVV viruswirksam sind.
Semikritische Medizinprodukte, die nicht thermisch desinfiziert oder sterilisiert werden, wie Endoskope und Ultraschallsonden mit Schleimhautkontakt sind grundsätzlich viruzid aufzubereiten.

Für flexible Endoskope und Bronchoskope sind Präparate basierend auf Aldehyden und Peressigsäure geeignet, die mykobakterizid und viruzid wirksam sind.

Präparate zur Instrumentendesinfektion sind Medizinprodukte der Katergorie 2b.