Instrumentenreinigung hat das Ziel, organisches Material und pharmakologische Reste rückstandsfrei zu entfernen und ist die Voraussetzung für eine sichere Desinfektion und Sterilisation. Konstruktive Besonderheiten und empfindliche Materialien erschweren in der Endoskopie eine effektive Reinigung. Unzureichende Reinigung und Ablagerungen sind häufig Ursachen für eine unzureichende Hygienequalität.

• Enzymatische Reiniger, die Verschmutzungen aufspalten, sind bei der Aufbereitung von englumigem Instrumentarium, bei Instrumentarium mit beweglichen Teilen, wie Zangen und bei empfindlichen Materialien von Vorteil.
• Oberflächenaktive Reiniger mit speziellen Komplexbildnern, die Verschmutzungen anlösen aber nicht aufspalten, eignen sich besonders zur Beseitigung von nichtorganischen Verschmutzungen, wie Kontrastmitteln und hartnäckigen Biofilmen.
• Aldehydhaltige Desinfektionsmittel können Koagulationen und Fixierungen verursachen und sind im Reinigungsschritt nicht anzuwenden.